Η κατοχή του Διπλώματος της Ειδίκευσης «Μοριακός Σχεδιασμός και Μοντελοποίηση» (α) τη βαθιά κατανόηση της δομής και των ιδιοτήτων της ύλης σε θεωρητικό επίπεδο, (β) την ευχέρεια των αποφοίτων στη χρήση υπολογιστικών εργαλείων για το μελέτη τους και (γ) τη δυνατότητά τους να υλοποιούν ερευνητικά προγράμματα στα σχετικά αντικείμενα. Έτσι, οι απόφοιτοι έχουν μια σειρά από δυνατότητες όπως:
- Συμμετοχή σε χρηματοδοτούμενα ερευνητικά προγράμματα με αντικείμενο την υπολογιστική Χημεία.
- Απασχόληση σε χημικές και φαρμακευτικές βιομηχανίες οι οποίες διαθέτουν τμήματα έρευνας και ανάπτυξης.
- Συνέχιση των μεταπτυχιακών σπουδών με εκπόνηση Διδακτορικής Διατριβής.
- Αναζήτηση απασχόλησης στην ανώτατη εκπαίδευση.